В июле 2013 года Вторая Новосибирская гимназия успешно прошла аудит и оценку системы менеджмента качества, которые проводил Новосибирский центр сертификации и мониторинга качества продукции. Коллективу гимназии был выдан сертификат соответствия системы менеджмента качества.

Полученный сертификат удостоверяет, что коллектив гимназии осуществляет основные и дополнительные образовательные услуги в соответствии с ГОСТ ISO 9001-2011 (ISO 9001:2008).